Kada se reformacija učvrstila u Cirihu, njeni plodovi mnogo jasnije mogli su se sagledati u suzbijanju zločina i unapređivanju reda i sklada. Cvingli je pisao: »Mir ima svoje boravište u našem gradu; nema svađe, nema licemerja, nema zavisti, nema sukoba. Odakle bi takvo jedinstvo moglo doći ako ne od Gospoda, i naše nauke, koja nas ispunjava rodovima mira i pobožnosti?« (Isto, b. 8, ch. 15)
Pobede koje je ostvarila reformacija navele su papine pristalice na još odlušnije napore da je sruše. Uočavajući male rezultate koje je donelo nasilje u suzbijanju Luterovog dela u Nemačkoj, odlučili su da se suprotstave reformaciji njenim sopstvenim oružjem. Vodiće rasprave sa Cvinglijem, i pošto bi im bila poverena organizacija, osiguraće svoju pobedu tako što će sami odrediti ne samo mesto rasprave, već i sudije koje će odlučivati koja je od sukobljenih strana odnela pobedu. Osim toga, kada jednom budu imali Cvinglija pod svojom vlašću, postaraće se da im više ne izmakne. Kada budu ućutkali vođu, onda će brzo slomiti i pokret. Međutim, pažljivo su sakrivali svoje prave namere.
Bilo je određeno da se rasprava održi u Badenu, međutim, Cvingli nije učestvovao. Gradsko veće Ciriha, sumnjajući u dobre namere papista, opomenuto raspaljenim lomačama na kojima su u papskim kantonima goreli sledbenici Jevanđelja, zabranilo je svom pastiru da se izloži opasnosti. U Cirihu je bio spreman da se suoči sa svim protivnicima koje bi Rim poslao; ali da ide u Baden, u kome je krv mučenika za istinu upravo bila prolivena, značilo bi izložiti se sigurnoj smrti. Ekolampad i Haler bili su izabrani da zastupaju reformatore, dok je poznati dr Ek, zajedno sa četom učenih doktora i prelata, predstavljao Rim.
Iako Cvingli nije prisustvovao raspravi, njegov uticaj se osećao. Zapisničare na raspravi birali su samo papisti, dok je drugima, pod pretnjom smrtne kazne, bilo zabranjeno da hvataju beleške. Cvingli je, uprkos svemu tome, svakoga dana dobijao tačan izveštaj o svemu što je bilo rečeno u Badenu. Neki student koji je prisustvovao raspravi, svake večeri sastavljao je izveštaj o dokazima koji su toga dana iznošeni. Dva druga studenta preuzela su zadatak da dostavljaju ove izveštaje Cvingliju u Cirih, zajedno sa svakodnevnim Ekolampadovim pismima. Reformator je odgovarao, dajući savete i predloge. Svoja pisma pisao je noću, a studenti su se do jutra vraćali s njima u Baden. Da bi izbegli budnost stražara postavljenih na gradskim vratima, ovi glasnici nosili su korpe sa pilićima na svojoj glavi, pa su im bez smetnji dozvoljavali da prođu.
Tako je Cvingli vodio bitku sa svojim zlonamernim protivnicima. Mikonijus ističe da se »trudio mnogo više, svojim razmišljanjima, svojim besanim noćima i savetima koje je slao u Baden, nego što bi to činio da je lično raspravljao okružen svojim neprijateljima« (D’Aubigné, b. 11, ch. 13).
Papisti, radosni zbog očekivane pobede, došli su u Baden odeveni u svoje najskupocenije ruho, okićeni blistavim draguljima. Živeli su raskošno, njihovi stolovi bili su prepuni najskupljih poslastica i najizabranijih vina. Teret svojih crkvenih dužnosti olakšavali su zabavama i gozbama. Potpuno suprotna bila je pojava reformatora, koji su u očima posmatrača jedva izgledali nešto bolje od grupe prosjaka, koje su skromni obroci vrlo malo zadržavali za stolom. Ekolampadov domaćin, koji je iskoristio priliku da ga posmatra za vreme boravka u sobi, ustanovio je da najviše vremena provodi u proučavanju ili molitvi, pa je sa čuđenjem, veoma zadivljen, izvestio, da je jeretik »u najmanju ruku makar veoma pobožan«.
Na zasedanju, »Ek se oholo popeo za govornicu sjajno ukrašen, dok je skromni Ekolampad, jadno odeven, bio prisiljen da zauzme mesto ispred svoga protivnika na grubo izdeljanoj stolici.« (Isto, b. 11, ch. 13) Ekov zvonak glas i neograničena sigurnost, nikada ga nisu izneverili. Njegova revnost bila je podstaknuta izgledima da će dobiti zlato, ali i slavu; jer je trebalo da kao branitelj vere bude nagrađen većom svotom novca. Kada nije imao dovoljno dokaza, uvek je mogao da pribegne uvredama, pa čak i kletvama.
Ekolampad, skroman i bez velikog samopouzdanja, ustručavao se od sukoba, pa se, upustio u raspravu svečano se zavetujući: »Ne priznajem nikakvo drugo merilo ocenjivanja osim Božje Reči!« (Isto, b. 11, ch. 13) Iako ljubazan i pristojnog ponašanja, pokazao se kao sposoban i neustrašiv. Dok su se papisti, u skladu sa svojim navikama, stalno pozivali na autoritet crkvenih običaja, reformator se istrajno držao Svetoga pisma. Rekao je: »Običaji nemaju snage u našoj Švajcarskoj, osim ako su u skladu sa ustavom; a ovde, u pitanjima vere, Biblija je naš ustav.« (Isto, b. 11, ch. 13)
Razlika između dva suparnika nije ostala bez delovanja. Smireno, jasno reformatorovo dokazivanje, tako ljubazno i skromno predstavljeno, uticalo je na ljude koji su s odvratnošću odbacivali hvalisavo i oholo Ekovo izlaganje.
Rasprava je potrajala osamnaest dana. Papini prijatelji na kraju su s velikom samouverenošću zahtevali pobedu. Većina poslanika bila je na strani Rima i Parlament je proglasio pobedu nad reformatorima i odredio da zajedno sa Cvinglijem, svojim vođom, budu isključeni iz Crkve. Međutim, posledice rasprave pokazale su koja strana je bila u prednosti. Rasprava je predstavljala snažan podsticaj protestantskom delu, i uskoro posle toga značajni gradovi Bern i Bazel stali su na stranu reformacije.
