Jednom papskom bulom ponovo je uspostavljena inkvizicija, s ciljem da jezuti dobiju veću moć. Bez obzira na sveopštu odbojnost kojom je bio dočekivan čak i u katoličkim zemljama, papske vlasti ponovo su organizovale ovaj užasni sud, i zverske surovosti toliko strašne da bi mogle da podnesu svetlost dana, ponovo su se događale u njihovim tajnim tamnicama. U mnogim zemljama, hiljade i hiljade najboljih sinova naroda, najneporočnijih i najplemenitijih, najinteligentnijih i najbolje obrazovanih, pobožnih i odanih pastora, vrednih i rodoljubivih građana, sjajnih studenata, sposobnih umetnika, veštih zanatlija, bilo je pobijeno ili prisiljeno da se skloni u druge zemlje.
To su bila sredstva kojima se Rim poslužio da pomrači svetlost reformacije, da ljudima oduzme Bibliju, da ponovo uspostavi neznanje i sujeverje mračnog srednjeg veka. Ali, zahvaljujući Božjem blagoslovu i trudu plemenitih ljudi koje je podigao da naslede Lutera, protestantizam nije bio uništen. Svoju snagu nije zasnivao na naklonosti ili oružju knezova. Najmanje zemlje, najskromniji i najslabiji narodi, postali su njegova uporišta. Bila je to mala Ženeva, smeštena usred moćnih neprijatelja, koji su se zaverili da je unište; bila je to Holandija sa svojim peščanim obalama na Severnom moru, koja se borila protiv tiranije Španaca, tada podanika najvećeg i najbogatijeg kraljevstva; bila je to ogoljena, neplodna Švedska, koja je postizala pobede za Reformaciju.
Kalvin je skoro trideset godina delovao u Ženevi, u početku da osnuje crkvu koja će se držati biblijskog morala, a onda da unapredi delo reformacije u celoj Evropi. Njegovo ponašanje kao vođe naroda nije bilo bez grešaka, niti je njegova nauka bila oslobođena zabluda. Međutim, bio je oruđe za širenje istina posebno važnih za njegovo vreme, za uzdizanje protestantskih načela nasuprot plimi papstva koje je brzo obnavljalo snagu, za jačanje jednostavnosti i neporočnosti života u protestantskim crkvama, umesto oholosti i pokvarenosti podupiranih rimskim učenjem.
Iz Ženeve su izlazili učitelji i spisi da prošire reformisano učenje. Prema njoj su bili uprti pogledi svih progonjenih iz svih zemalja koji su tražili pouke, savete i ohrabrenje. Kalvinov grad postao je utočište progonjenih reformatora iz svih zemalja evropskog zapada. Bežeći od strašnih oluja koje su stolećima besnele, begunci su stizali na vrata Ženeve. Izgladneli, ranjeni, lišeni doma i rođaka, bili su dočekivani toplom dobrodošlicom i nežno zbrinjavani. Našavši tu svoj novi dom, blagosiljali su grad koji ih je prihvatio svim svojim sposobnostima, svojom učenošću i svojom pobožnošću. Mnogi od onih koji su tu našli utočište vraćali su se kasnije u svoje zemlje da ustanu protiv rimske tiranije. Džon Noks, hrabri škotski reformator, mnogobrojni engleski puritanci, protestanti iz Holandije i Španije, hugenoti iz Francuske odneli su iz Ženeve baklju istine da njome obasjaju tamu u svojim rodnim zemljama.
